ソドー島を飛び出して冒険に出発したトーマスは、旅の途中でとある製鉄所に迷い込んでしまう。そこで働くフランキーとハリケーンという2台の機関車は、トーマスが帰ろうとすると次第に態度を豹変させ、トーマスの行く手をはばむ…。戻ってこないトーマスを探しに、今度はジェームスがメインランドへ出発したものの、ジェームス自身もトラブルに巻き込まれてしまい――。
