第3使徒がネルフの北極施設に出現、真希波・マリ・イラストリアスの搭乗したエヴァンゲリオン仮設5号機が迎え撃つ。一方、日本では、母の墓参りを終えたシンジがミサトの車での帰途、第7使徒に遭遇、そこへエヴァンゲリオン2号機が出撃し、鮮やかに殲滅するのだった。そして、2号機の搭乗者、式波・アスカ・ラングレーはシンジたちの中学校に転入し、シンジが暮らすミサトのマンションの新たな同居人に。やがて、ネルフ本部へ直接落下を企む第8使徒が襲来。エヴァ零号機、初号機、2号機は連係して落下を食い止め、殲滅を成功させた。またこうした戦いと学園生活を通じ、これまで互いの関係に距離感のあったシンジ、レイ、アスカはそれぞれ次第に心境の変化をみせていく。ところが、続く第9、第10使徒との戦闘で、彼らは自ずと過酷な運命を背負っていくこととなる…。
庵野秀明
摩砂雪
鶴巻和哉