伝説の怪物として、長きにわたり恐れられてきた超巨大生物・ダイオウイカ。しかし、その姿は21世紀のいまなお、神秘のヴェールに包まれていた。透明ドーム型で340度の視界をもつ最新鋭の潜水艇2隻に、NHKが開発した深海用超高感度カメラを搭載、水深1,000mの深海に潜航。ダイオウイカを誘き出すため、科学者たちは大胆な作戦の数々を展開。10年もの歳月をかけた調査は、奇跡を呼び起こした――。