前回の第8話では、ついに碓氷薫（広末涼子）のUSBメモリに残された捜査記録に辿り着き、賀来さん演じる遊佐清春が黒幕に迫った。だが、未だ“ニッポンノワール”の真の目的など多くの謎が残されたまま…。
これまでも本作には富田望生、今田美桜、福原遥ら「3A」メンバーが登場してきたが、今回再び「3A」メンバーが登場。鈴木さん演じる里見海斗、森さん演じる堀部瑠奈、箭内さん演じる結城美咲といった、サッカー部のエース、電脳部の部員、アイドル志望の女の子と、それぞれ生徒の一員として、担任・柊一颯の魂の授業を受けた仲間だ。
今回は、見えない圧力で出版社に掲載を断られ、個人SNSでの投稿も公開を拒否されてしまったニッポンノワールの情報を、どうにかして世間に知らしめたい深水咲良（夏帆）と本城芹奈（佐久間由衣）が、公園で「3A」の生徒たちに遭遇するという。
「３Ａチームの空気感に懐かしさも感じつつ、不思議な感覚」と今回の撮影をふり返った鈴木さんは、「あの事件を通して成長し、今を生きている海斗に、ぜひご注目ください！」と力強くアピール。
森さんは「『３年Ａ組』で柊先生が教えてくれたことは、半年後も、その先も、みんなの心に残り続け、拡がっていくという所を見届けていただくことができると思います」と自信を見せ、箭内さんも「柊一颯先生から教えていただいた事がしっかりと胸に刻まれており、YouTuberとして自信を持って生きることができているんだなと安心しました。私自身も、結城美咲としても成長できたあの期間は宝物だったので、３Ａでご一緒したスタッフさんや共演者の方々に再会できて嬉しかったです」とコメントしている。
また、今回ついに清春が覚醒の日を迎え、全ての記憶を取り戻す！
＜第9話ストーリー＞
ニッポンノワールによる極秘プロジェクトである人体実験で記憶を変えられていた宮城遼一（細田善彦）が、公安の眞木光流（矢本悠馬）の手により死亡。怒りからまるで別人のように変貌し、眞木を打ちのめした遊佐清春（賀来賢人）。それは覚醒の兆しなのか…。そして、喫茶店・ボナーロに向かうと、マスターの深水喜一（笹野高史）にこう告げた――。「アンタが黒幕なのか」夕陽が射し込む喫茶店の中、視線を交わす両者。その真相は…。
南武修介（北村一輝）には、5年前に家出をした息子がいた。その後、ベルムズに加入したところまでは把握したものの、その先の行方は分からないまま。ベルムズを使い、人体実験を繰り返していたニッポンノワール。南武は息子の行方を案じつつ、江國光成（杉本哲太）ら捜査一課の面々にニッポンノワールと公安の動向を探らせる。そして、そこで衝撃的事実を突き止める――。
「ニッポンノワール ―刑事Yの反乱―」は毎週日曜日22時30分～日本テレビにて放送中。
