東京の大病院の救命救急の現場で働いていたが、難病である多発性筋炎・皮膚筋炎の告知を受け、仕事を続けたいと困っていたところ、偶然知った山奥の小さな村“虹ノ村”の診療所で働くことなる紅野真空を高畑さんが演じる本作。
虹ノ村に着いた真空が診療所で出会うのが、井浦新演じるツナギにサングラスという医者らしからぬ風体に、自由奔放で天真爛漫な性格という外科医の浅黄朔。
そしてもう1人が、北村さん演じるぱっつん前髪スタイル、超絶優秀な仕事ぶりゆえ優等生すぎる一面も持つ、いじられキャラ的存在の看護師・蒼山太陽。3人は診療所でともに暮らすことになる…。
また村の人々として眞島秀和、安達祐実、光石研、水野美紀、西田尚美、泉谷しげる、モト冬樹、半海一晃といった顔ぶれも出演。
※以下ネタバレを含む表現があります。ご注意ください。
1話のラストで真空は自分が病気であることを告白するが、朔は「医者で患者、最強じゃん？」と答え、温かい村人たちも真空を受け入れた。
改めて虹ノ村診療所での日々をスタートさせた真空だが、お年寄りたちに熱心に向き合いすぎ、連日診療所は大行列で真空自身の体調も密かに悪化していく。そんななか診療所を訪れた次郎（半海）を診た真空。最初は風邪と診断するが、次郎の病状がその後急速に悪化。無痛性の心筋梗塞になってしまう…というのが今回のストーリー。
朝食の準備中、真空のじゃがいもの切り方に唖然とする朔。思わず「それでもお前…」と言いかけると、真空は「それでも女かよとか、女のくせにとか言われたら、キレちゃうかもしれないので…」と、近くにあった木の枝を持ち朔と蒼山を追いかけまわす…。結局蒼山の提案で“～のくせに”と発言するごとにポイントがたまり、10ポイントたまったらペナルティが課せられることになり、壁に「くせにポイント表」が貼りだされるという展開に。
SNSでは「「女のくせに、男のくせにって言われるのが嫌いなんです」ってはっきり言う高畑充希が良かった」「くせにって結構言っている気がするので私も気をつけます！」などの声が上がるとともに、「アンナチュラルで「クソッ」の数を数えられてた井浦新が「くせに」の数を数えられてた」「アンナチュラルでは「クソが」を数えられにじいろカルテでは「くせに」を数えられる新さんwww」など、朔を演じる井浦さんの出演作「アンナチュラル」を連想した視聴者からの投稿も。
くせにポイント表はこちら！
— 【公式】にじいろカルテ第3話は2／4(木)よる9時 (@nijiirokarte) January 28, 2021
今後どんなふうにポイントが貯まるのか
ご注目ください#にじいろカルテ#テレビ朝日#くせにポイント pic.twitter.com/twaSK1RXOf
また「旅路ほんといい曲」「エンディングの風くんのやさしい声もぴったり」「最後に待ちに待った旅路がかかるとドラマの話と相まって泣きそう」など、藤井風が手がける主題歌の「旅路」に注目する声も数多く上がっている。
