大都会ニュートークシティを訪れていたサトシとピカチュウたち。街のど真ん中には、ポケモンの安全と保護を目的に設計されたポケモン専用の居住施設ポケモンヒルズがあり、完成間近となっていた。そんなポケモンヒルズに突如現れた赤いポケモン。その名はゲノセクト。プラズマ団より3億年前の化石から兵器としてよみがえったポケモンだ。そのとき、サトシたちを守るように立ちはだかったのはなんと伝説のポケモン、ミュウツーだった。両者は激しくぶつかりあい、そのすさまじい衝撃波が街全体を巻き込んでいく――。
湯山邦彦