フロリダで生まれ育ったジェイク(エイサ・バターフィールド)は、唯一の理解者である祖父が謎めいた死を遂げたことから、その遺言に従って小さな島を訪れる。そこでは、美しくも厳格なミス・ペレグリン(エヴァ・グリーン)とともに空中浮遊能力を持った少女エマ(エラ・パーネル)や、いたずら好きな透明人間の男の子、常に一緒に行動する無口な双子など、“キミョかわいい”(=奇妙でかわいい)少年少女たちが暮らしていた。やがて彼らと心を通わせ、夢のような時間を過ごしたジェイクは、自らに宿ったある“力”に気づき、屋敷に迫る恐るべき脅威に立ち向かっていき…。
ティム・バートン