映画の舞台は現在。十数年来、謎とされてきた「きさらぎ駅」について大学で民俗学を学ぶ女子大生の堤春奈が卒業論文の題材と決める。春奈は「きさらぎ駅」の投稿者“はすみ”とされていた葉山純子という女性の存在を知り、調査の結果、ようやく純子とコンタクトすることができ、遂に対面する機会を得る。この出会いが春奈の運命を大きく狂わせてゆくことになる――。