長崎県波切島。喘息の療養のためにここに訪れた小学生の奈緒子は、走ることが大好きな少年・雄介と出会う。だが出会って間もなく、過って海に落ちた奈緒子を助けるために雄介の父が命を落として以来、2人の時間はそのままに止まってしまった。そして6年の月日が流れ、奈緒子(上野樹里)は高校陸上界で“日本海の疾風(かぜ)”と呼ばれる天才ランナーに成長した雄介(三浦春馬)と偶然再会する。2人の複雑な事情を知った陸上部の西浦監督(笑福亭鶴瓶)は、奈緒子をマネージャーとして歓迎。こうして奈緒子と雄介、そして高校駅伝長崎代表を目指す部員たちの忘れられない夏が始まった――。