東京湾、羽田沖。ある日東京湾アクアトンネルの崩落という重大な事故が起きる。直ちに各閣僚が出席する緊急会議が開かれ、事故の原因が議論される。そんな最中、内閣官房副長官の矢口蘭堂は未知の巨大生物の可能性を指摘するも上官にたしなめられてしまう。しかし直後に巨大不明生物が海上に姿を現わし、政府関係者たちを愕然とさせる。のちに“ゴジラ”と名付けられるその巨大不明生物は陸に上がり、人々や街を破壊し尽くして行く。政府は緊急対策本部を設置するも、対応は後手に回り...。
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