2293年、人類は不老不死の社会を実現。特権階級の永遠人〈エターナルズ〉たちは、外界から隔絶された透明ドーム、〈ボルテックス〉の中で平和で優雅な毎日を過ごしていた。彼らは空飛ぶ巨大神像ザルドスを建立、それを神と崇める撲滅戦士〈エクスターミネーターズ〉たちを操り、荒廃した外界に棲む獣人〈ブルータルズ〉たちの搾取と殺戮を続けている。だがある日、撲滅戦士のリーダー、ゼッド(ショーン・コネリー)は、着陸したザルドスの口内に身を隠し、ドーム内に潜入した。ザルドス=神の忠実な下僕だったはずのゼッドの目的とは一体?
ジョン・ブアマン