極秘組織“MEN IN BLACK”(MIB)のエージェントJ(ウィル・スミス)とエージェントK(トミー・リー・ジョーンズ)は、今日も異星人を監視しその暴走を取り締まるべく、街中を奔走していた。ある日、なぜか単独で事件を追うKを不審に思い、その真相を問いただそうとしたが、まったく取り合わない。増々、不審に思ったJはKを探すが、どこを探しても見当たらない。上司に居場所を確認すると「Kは、40年以上前に亡くなった」という不可解な回答が返ってくる。その謎を解明すべく、Jは40年前にタイムスリップを試みるのだが…。
バリー・ソネンフェルド