牙鬼軍団との決戦から2年後、ニンニンジャーメンバーは好天の三回忌を迎えたのを機に再び伊賀崎忍術道場に集合する。そこへ突如現れた牙鬼軍団の残党を相手にそれぞれの修行の成果を見せ合うように倒していく天晴らニンニンジャーたち。しかし中でも風花と霞は単身でガシャドクロを倒すまでに成長していた。こに現れた天晴・風花兄妹の母・桜子が、風花と霞をアイドルユニット・ニンニンガールズとしてプロデュースしていることが明らかになり、さらに桜子は「ガールズ」側に新メンバー・九重ルナを加え、天晴たち男子メンバー4人はニンニンボーイズとしてそのニンニンガールズと伊賀崎流の名を賭けてのアイドルバトルをさせられる羽目になる。時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が、息子の萬月の復活およびニンニンジャーの仲間割れを狙って暗躍を始めるのだった。さらに弓張重三も復活する。
竹本昇