夏休みが終わった忍術学園に、一年生と六年生の宿題が入れ替わるという事件が発生！ 一年は組の喜三太には、「オーマガトキ城主のふんどしをとれ」という宿題が当たってしまう。しかし、現在オーマガトキ城はタソガレドキ城と戦の真っ最中。行方不明の喜三太を探して乱太郎たちは探しに向かう――。
藤森雅也
『劇場版アニメ 忍たま乱太郎 忍術学園 全員出動！の段』の親子試写会が3月6日（日）、都内で開催されおよそ80組の親子が来場。上映後には本作でゲスト声優を務める「ロンドンブーツ1号2号」の田村亮、「次長課長」の河本準一が舞台挨拶に登壇し、子供たちと一緒に会場を盛り上げた。
NHK教育テレビの人気アニメ「忍たま乱太郎」が放送18年目にして初の映画化。『劇場版アニメ 忍たま乱太郎 忍術学園 全員出動！の段』として3月12日（土）で全国ロードショーされることになったが、この度、田村亮（ロンドンブーツ1号2号）と河本準一（次長課長）の2人がゲスト声優として出演することが明らかになった。
