東京の街を一望できるベルツリータワーのオープニング・セレモニーで、展望台からの絶景を楽しんでいたコナンと、蘭、少年探偵団たち。その時、1発の銃弾がガラス窓を突き破り、ある男の胸を撃ち抜いた!「ありえない距離からの狙撃、まさか!」。銃弾の軌道先に黒い影を見つけたコナンは女子高生探偵の世良真純と共に逃走するスナイパーをバイクで追うが、警察のパトカーとスナイパーとの激しいチェイスに翻弄され、やがて、犯人、そして狙撃事件の謎は海の中へと消えていった。コナンと世良、そして警察とFBIがタッグを組んで捜査を始める中、やがて浮かび上がったのは海軍の特殊部隊「ネイビー・シールズ」の存在だった…。
静野孔文